No existe un sistema operativo 100% seguro. Muchos venden a Linux como un sistema estable y seguro. La realidad es que Linux no es seguro por sí mismo; debemos configurar un firewall, elegir bien las contraseñas, etc. Encontré dos artículos que nos ayudan a configurar la seguridad de Linux:
El primero es del wiki de Ubuntu, pero las consideraciones sirven para cualquier distribución.